ФГДС рекомендуется проводить для диагностики и лечения различных заболеваний желудочно-кишечного тракта, таких как язвы, гастриты, рефлюкс-эзофагит, опухоли, кровотечения и др. Также этот метод может использоваться для установления причины болей в животе, необъяснимой потери веса, дисфагии, рвоты и других симптомов. Кроме того, ФГДС может использоваться для контроля эффективности терапии и для скрининга на предмет предраковых состояний у пациентов с высоким риском развития опухолевых процессов.